Les Moussières fut aussi appelée "Mossiera" puis "Franches-Moussières".
Un chemin très ancien, reliant Saint-Claude à Chézery, traversait le territoire des Moussières au lieu-dit Le Goulet où il était protégé par une forteresse. Entre Septmoncel et Les Bouchoux cette vallée protégée par 2 chaines de montagnes fut appelée Franches Moussières. Au Vème siècle, elle était l'alleu d'un riche chef bourguignon et conserva sa franchise même en devenant la propriété de l'Abbaye de Saint-Claude, dont tous les domaines subissaient le joug de la main morte.
C'était alors une terre priviégiée, un grand nombre de chalets y étaient installés.
Une grande épidémie de peste en 1349 vida la contrée de ses habitants.
Des fromagers venus de Suisse et du Bugey vinrent s'installer dans les granges abandonnées.
Les grandes années de paix dont jouit la province au cours du XVIème siècle favorisèrent l'industrie du fromage et le développement de la population.
La Franche-comté appartenait au royaume d'Espagne.
Pendant la guerre de 10 ans de1635 à 1644 , (La France déclara la guerre à l'Espagne en 1636), la région proche de la frontière subit de multiples assauts. Les Moussières fut incendiée le 28-29 mai 1639. La peste sévit à l'automne 1639.
Les habitants en fuite, abandonnèrent leurs chalets appelés granges, et partirent vers la Suisse voisine
Les riches bourgeois de Saint-Claude en profitèrent pour usurper les domaines abandonnés.
Pendant le siècle qui suivit les fermes étaient louées à des fermiers par des propriétaires qui n'habitaient pas le territoire.
Jusqu'au XVIIIème siècle, la commune dépendait de la paroisse de Villard-Saint-Sauveur. L'église était située à l'époque presque à l'entrée de saint-Claude, vers Rochefort, soit un dénivelé de près de 700 m. On imagine les difficultés pour les baptêmes ou enterrements en plein hiver ! En 1745, après de nombreuses tractations les habitants obtinrent l'autorisation de construire une chapelle pour Les Moussières et Bellecombe, et de la faire desservir à leur frais, par un vicaire. L'église a été agrandie en 1816 et 1844.
Les Moussières, comme nombre de petites communes françaises, a payé un lourd tribu lors de la 1ère guerre mondiale.
Pendant la 2ème guerre mondiale, le site des Fournets fut un des hauts lieux de la résistance.
Dans cet endroit à l'écart, situé entre les communes de Coyrière et Les Moussières, les maquisards se cachaient et recevaient armes et nourritures.
Suite à dénonciation, il fut le théatre d'un massacre, le 12 avril 1944, 6 hommes furent torturés, fusillés et brulés, par les armées allemandes. Le maire de Coyrière, Mr Osias Clément fut tué.
Sur place une plaque commémorative relate ce triste évènement.